黄河总干渠在实际施工中坚持贯彻了第二套方案，在不影响全盟农业生产的前提下，总干渠坚持常年施工，最后达到了早日受益的目的。第二套方案也是符合全盟实际的，在实际操作中深受各旗县、灌区人民的认可和支持，施工获得了成功。
总干渠第一期第一批工程1960年胜利完工
1960年5月1日，总干渠第一期第一批工程经过紧张施工胜利完工，4月29日上午在临时渠口放水。经过一个小时左右的突击劳动，一切准备就绪。
在热烈的气氛中，上午10时整，汹涌澎湃的河水流进了新修建的总干渠。
巴彦淖尔盟的广大群众期盼已久的有节制的灌溉终于实现了，不用再担心旱灾了。尽管总干渠的施工还没有彻底结束，当时只是完成了第一期第一批工程，此后还需要加快施工步伐，继续努力，但巴彦淖尔盟人民终于看到由自己亲自开挖的总干渠可以灌溉良田了，这种喜悦是发自内心的。
随着总干渠第一期工程的竣工，义长和永济两大干渠的引水也完成了。这期工程的竣工，可以使巴彦淖尔盟四百九十多万亩良田受益，这是巴彦淖尔盟各族人民的大喜事。工人们决心鼓足干劲，为农业实现“三化”和提前两三年实现农业发展纲要而奋斗。
《巴彦淖尔报》为庆祝总干渠的第一期第一批工程的胜利完工，特刊发了社论《征服自然 斩断黄龙》：
总干渠第一期第一批工程竣工放水，全盟有一百一十万亩小麦和七十八万亩水稻需要在5月底或6月初以前浇完，而且还有一百四十多万亩干地和开荒地需要灌溉。
希望奋战在工地上的三万七千多名水利大军继续奋战，为第二批工程的开工和工程全面竣工而奋斗。
《内蒙古日报》也于1960年5月4日刊登了《黄河总干渠提前一年放水》的新闻报道：
总干渠比原计划提前一年，于1960年4月29日早晨放水浇地，使河套灌区的农田灌溉比往年提前了半个多月。
巴彦淖尔盟总干渠的施工始终贯彻执行巴彦淖尔盟委、自治区党委的方针、政策，特别是中央提出的关于水利建设问题的指示精神，建立了一支常年施工的水利施工队伍。每年冬春季用于水利和农村基本建设的劳动力必须执行中央“三三制”或者“四一制”的规定，即在冬季的一百天用于水利建设和农村基本建设的劳动力（包括基建队伍服务的）只能占农村劳动力总数的三分之一或者四分之一，田间劳动应该占农村劳动力总数的三分之一或者四分之一，副业劳动力应该占农村劳动力的三分之一或者四分之一。同时还规定，从事基本建设的劳动力，无论是常年性的还是季节性的，他们的口粮，原来的定量标准部分由出工单位带足，补助粮食由省、县统筹供应；所有基建工地要严格执行有劳有逸的规定。
巴彦淖尔盟委就贯彻落实中央提出的建立一支常年施工的水利施工队伍以及总干渠第二期施工意见向自治区党委报告，本着边施工、边建设的原则，逐步实现设计规划。为便于施工，建议组织一支一万五千人左右的常年施工专业队伍。
总干渠第二期工程任务安排如下：杭锦后旗、临河县承担解放闸至黄济渠总干渠段落；中后联合旗于1960年内完成四闸泄水渠任务；五原县、乌拉特前旗于1960年6月以前完成任务总干渠首闸至五闸任务，下半年完成五闸至七闸工程任务。总的要求：1960年把总干渠挖到四闸，为解决巴彦淖尔盟1961年的灌溉任务创造条件。
完成第二期任务，一方面要增兵派将，增加工人劳力；另一方面要实现运土工具“三化”，即推土车子化、车子畜力化、磙珠轴承化，以及破冻工具多样化。
自治区水利厅根据中央发出的“大办农业，大办粮食”的指示精神，以及“水利建设要分期分批，讲究质量，讲究实效”的原则，于1960年9月29日下发关于总干渠的施工方案。
对总干渠工程的施工本着1961年5月全线放水受益，分期施工、分期受益的原则，其要点是，施工安排本着先通水灌溉，尽量少做土方的原则，先按扩灌三百五十万亩，达到总灌溉面积一千万亩来施工；在满足这些灌溉面积用水的条件下，尽量缩小过水断面。在施工技术上采取变陡坡降，减少挖深，以缩小断面技术土方。同时，提出了巴彦淖尔盟四闸以上断面缩小的工程质量不好，需要捣背的批评意见。
总干渠的施工任务，仍采取分段包干负责的原则，即将该段土方及经费按预算全部包给地方，要求按时、按质、按量完成任务。将渠道建筑物的施工交给黄河工程局负责；各建筑物所需的工人、短途运输、食物供应及组织领导由分担任务的旗县负责。各盟市的应分配的劳力如下：巴彦淖尔盟一万九千人，包头市九千人，呼和浩特市一万人，乌兰察布盟二千人。黄河灌区是个整体工程，各地必须按照统一部署，统一步调，按期完成分配任务。应从全面出发，不能光考虑本地区当前利益，从而拖延工程，以致影响下游受益及全灌区发挥效益。总干渠是永久性的重点工程，在施工中必须坚持“百年大计，质量第一”，一定要贯彻执行质量、数量并重的原则，按设计要求进行施工。为此，内蒙古水利厅提出了施工技术要求：
1.此次挖的是临时小断面，渠堤土一定要堆放在原设计大断面的渠堤位置上，避免将来捣背浪费工。
