所以渠道设计断面宽、土方多。国家和自治区已经批准这项工程，将其纳入重点投资工程项目施工兴建，并争取1960年“五一”基本完成放水灌溉。这样在时间短、任务重、劳动力缺乏的情况下，如果继续按原设计进行施工，工程将很难完成；如果不施工，又不能适应拦河坝修成的放水要求和灌溉要求。所以必须下决心，抓住夏秋季这一施工的有利时机，节省劳力，避免冬季施工带来的困难。但根据目前的断面设计要求，巴彦淖尔盟近两三年只灌溉四百五十万亩至五百万亩，这样，不需要按远景设计要求施工，就可以保证目前的灌溉要求。鉴于这种现状，巴彦淖尔盟水利局局长康玉龙和工程师陈靖邦经过研究提出建议，修改总干渠施工设计，先按小断面开挖，以后再扩建达到设计要求。建议经上报巴彦淖尔盟委、行署、自治区党委，最终获得批准。按小断面开挖，意思就是宽度缩窄、长度缩短、缩短战线，通俗地说，就是原来施工的渠壕变渠背，渠背变渠壕，将总干渠缩窄断面，分期施工，争取1960年“五一”前，由三盛公挖到四闸（天吉太桥），先按五百万亩灌溉面积要求调整渠道断面及土方，完成第一期工程任务；1960年“五一”后再继续完成第二期工程。这样既能满足灌溉发展要求，又能节省劳动力。第一期缩窄断面实施的工程有：
总干渠于1960年“五一”前完成由总干渠引水供给巴彦淖尔盟引黄灌区。解放闸、永济、义长、丰复各大灌域用水，三湖河用水，除以原引水渠直接由黄河引用水之外，可由乌梁素海支援一部分水量，借用水流量二百五十一秒立方米。
关于劳动力的安排，杭锦后旗、临河县、中后旗、五原县动员部分劳力，负责开挖四闸以上总干渠土方工程，不负担枢纽工程。由五原县、前旗出劳力担负拦河坝的施工劳力，四闸以下暂不施工。
总干渠施工，巴彦淖尔盟委决定，盟一级的由盟委书记、盟长领导施工，各旗县由旗县委书记或旗县长到工地指挥，公社、大队以作业区为单位进行施工，按军事化组织团、营、连、排、班。巴彦淖尔盟总干渠指挥部成员：
政委刘健（巴彦淖尔盟委副书记）、指挥关保（巴彦淖尔盟副盟长）、副指挥李桂芳（巴彦淖尔盟农牧部部长）。
委员共十九人，同时抽调二百四十七名工作人员。巴彦淖尔盟成立总干渠办公室。巴彦淖尔盟指挥部要求各旗县以“大兵团作战，集中力量打歼灭战”的方法，尽快完成大干任务。
总干渠施工测量工作由巴彦淖尔盟水利局技术科和巴彦淖尔盟总干渠工程办公室负责完成，并计算土方。参加测量的人员有郭景泰、李进良、王维周、张树欣、刘义、杨信等技术人员。因测量任务重、时间紧，测量人员每人肩上背着水准仪，拿着塔尺，奔走在渠线上，既要测开挖的深度，也要检查施工渠堤质量，经常是饮食无定，居无定所，早出晚归，群众称他们是“胶皮肚子飞毛腿”。负责临河县、杭锦后旗工地施工的王维周同志，当时虽然身体患有浮肿病，但他每天坚持往返工地二十余千米，直至工程完工。
总干渠巴彦淖尔盟指挥部于1959年4月29日至30日召开了两天的全委会议，会议传达了自治区人委的决定，通过巴彦淖尔盟指挥部提出的缩窄断面、缩短战线、集中施工的意见：
总用水量二百五十一个秒立方，断面缩窄，进水闸到一闸必须通过流量二百五十一个，渠底宽六十四米；一闸至四闸通过一百五十七个流量，渠底宽三十九米；二闸到四闸下四千米处（义长渠接通）通过九十四个流量，渠底宽二十一米；从原设计计算，纵坡二万分之一，糙率零点零一九，边坡一比二点五，水深四米。工人粮食除按留粮标准带足，不足部分提出每月按二十七斤补助；总干渠工程补助零点二五元的开支范围和社会赔偿应明确规定，以便统一执行。
为了便于总干渠的施工，全盟成立了黄河三盛公水利枢纽工程巴彦淖尔盟工人施工指挥部。指挥部下按旗县编为六个营，即杭锦后旗、临河县、磴口县、五原县、前旗各为一营，中后旗与阿拉善旗为一个营。招收工人编入各旗县，每营编制干部八人，六个营编制干部四十八人。由旗县公社抽调，营下设连，每连编制工人二百人左右；连下设排、班组织，排、班脱产，由工人选举产生担任，每连设不脱产干部五人。设立党团组织，以便开展思想政治工作，开展技术革新和技术革命竞赛。
巴彦淖尔盟委对此进行了批复。
巴彦淖尔盟水利局为了保证施工的顺利进行，同时也为了使各旗县掌握施工的质量技术标准，发布了总干渠施工的工程规格：
底宽均为三十米，旱台为十五米，水深二米，渠内边坡和堤内坡均为一比二点五，堤顶宽、填方段七米，纯填方可依据为四米。
旱台一律不准堆弃开挖余土，重要的渠道及影响秋浇较大的渠道，应当给予保留。
开挖一律采用“大切坡、倒拉牛”的办法，即先由边线开挖，之后坡渠底，再由渠底返回渠口，一次挖成；也可采用倒坡方法，先由中线开挖，由渠坡推至渠口，再由渠口推至渠底，一次完成。
总干渠土方工程的特点是：开口宽、挖土深、水方多、土方大、运距远，尤其是各闸以上各段送土均将达一百米以外。这样，旧法提土已经不能适用，必须发动群众，进行工具改革，创造更多挖冻土技术，以减少水方。
