土坝工程也紧跟向前延伸，很快就把黄河水面束窄到一百二十五米，占领了大量施工领域。
4月11日以后，由于河槽两岸码头靠近，盐锅峡水库蓄水期已过，河水流量不断上涨，两坝头前面水流速度增大，实测流量达到一千三百五十立方米每秒，接着停下施工。
在施工期间，由于拦河闸闸门在北京加工，迟迟不能到货，大家在等待闸门的同时，利用散料和埽捆维护两岸码头，并利用沉褥和沉埽进行龙口护底，施工工人加高培厚拦河土坝，给开挖引河和截流积土赢得了充分的时间。
在施工中，观察河水变化形势，沿一百二十五米宽的坝轴线，按上游八米、下游十六米的宽度用沉褥和沉埽进行铺底。
截流施工的主要措施是埽捆截流，主要采用柴草和土卷成的埽捆筑坝、铺底、进占、堵口。埽捆主要是由柳枝、芦苇、枳机及草料，内卷碎石块土料捆绑而成。按埽捆的长度布置人工，一般每个埽坡二十人。从上边紧紧推卷、牢固、捆扎；用两根五十米的八号铅丝拴着大石头拽下河里，然后用柳笆子铺底；再铺一层芦草、白茨、沙蒿等草本植物；中间铺卵石、土卷起来，大约高二米，制作好推到河里。施工中专门有埽工喊号子：
嗨吆！嗨吆！
同志们呢，加油干呢！
工程伟大呢，百年大计呀！
马虎不得呢，质量第一呀！
……
枢纽截流工程总共推进去埽棒二百多根，铺设沉褥三千多平方米，柴草数百万公斤；埽捆可根据截流需要，随时装船运往工地。
枢纽工程截流时采用平堵施工，一般是由船沿绳索牵引埽船，按指定位置进行。拦河闸施工围堰上游的大片滩地是黄河行经主槽，所以，必须在截流前开挖引河，导水过闸，以利河水改线，减轻龙口施工负担。拦河闸工程的水下部位施工于5月初全部完成，5月5日拆除围堰，另用大量炸药炸开引河口，把黄河水引进。在开通引河的同时，龙口施工仍在继续进行。
截流工程是枢纽工程中直接与黄河主流拼搏的一次关健战斗。截流结合当时、当地具体情况考虑，采用就地取材、柴埽截流的办法进行。河套灌区长期以来就以柴草结构建设分水、挡水、堵口、筑坝等主要水工建筑。
在泥沙河渠截流堵口，采取平立堵结合的施工方法，开挖引河，可以减轻截流工程的压力，是截流施工克服困难的一项策略性的辅助工程。
截流施工是当时工地上人们普遍关心的大事。以枢纽施工现场现有的机具、设备力量，来对付这波涛汹涌的黄河，确实令人担心。单凭柴草和地方人力就斩断洪流，更是不堪设想。因此在施工之前，有某建筑部门善意地提出抽调二百辆汽车拉土协助施工。但在实际施工中，以当时的条件不可能有那么多的车辆，所以，实际施工中没有用到许多的车辆。
5月5日开始，正式从两岸码头紧急用埽捆、沉褥平铺平行进占。河套灌区盛产柴草埽料，可以就地取材。使用埽捆、沉褥截流施工，设备简单，操作容易，更为显著的特点是埽捆柔性大，抗冲击性能大。入水后容易同粉细沙基河床结合，堵水性能好。用埽捆铺底平堵，安全稳定，结合沉褥效果显著。
根据黄河河床善淤善冲、摆动不定的特点，以及堵口断面越束窄，底部越冲刷深的特点，施工人员截流因地制宜采用“四结合”的截留办法，即铺底与平堵结合、立堵与平堵结合、埽捆与散草结合以及土洋结合，积极主动向龙口展开从左右两岸及河床进占的“三围攻”和“二进兵”，即由水陆两路运输截流材料和物资。截流施工采用的这些方法，达到了省材料、柴草土方、劳动力、时间和工程费用“五省”，也达到了施工安全的目的。
到5月13日，上游水流逐渐减少，截流工程指挥部于下午开会研究决定，14日早晨开始龙口截流。这是考虑到白天便于操作，也容易发现问题、处理问题。
会后经现场观察，龙口上游水流骤趋平缓，水流形势发展很快。领导小组认为截流合龙闭气的时机已到，不应再拖延。当时，河水无猛涨迹象，龙口上下游水位差实测为六十二厘米，充分显示出平堵截流的优越性。五人领导小组经现场研究决定，于当晚六时合龙。
截流工程开始时，副厅长李直建议，巴彦淖尔盟与黄河工程局分别负责黄河大坝埽棒进占。巴彦淖尔盟负责东坝头；黄河工程局负责西坝头，并在龙口上空拉一根缆绳，在正对龙口中心位置的缆绳上拴一面红旗。两岸向红旗前进，开展竞赛，把截流施工搞得热火朝天。在截流指挥部的统一指挥下，各旗县指挥部开展“出满勤、超定额，大搞红旗竞赛”活动，极大地激发了工人的干劲，促使截流工效不断提高。
截流合龙期间，5月1日国际劳动节，为了迎接导流，工地假日不休息，突击引河开挖及围堰拆除工程。5月2日，枢纽工程五人领导小组召开扩大会议，研究部署截流任务。经研究决定，5日导流，12日合龙截流，15日左右放水灌溉。会上大家认识一致，信心百倍。5日，炸开围堰放水，由于闸室较低，进水流速很快，冲击两侧渠岸，对导流十分有利。6日，自治区干部王铎、郝平南、周北峰来工地视察并与各支援单位负责人座谈，再到截流大坝进行座谈，听取截流指挥部的意见，具体研究了截流的指挥组织、干部分工、劳动组合、安全保卫等具体措施，对截流实施可谓一丝不苟。
