当然，河套平原内部也有些小片沙漠，据20世纪50年代统计，约有423万亩，加上套区的西面和南面均为沙漠所包围，常年风向又多以西风和西北风为主，境内外的风沙为害都比较严重，据观测，二三级风即可起沙，沙和风是分不开的，据多年统计，以五六级风所形成的年风沙天数为47～105天，其中八级以上的大风沙天数一般为10～30天，最多时达52天。风沙大时黄沙蔽天，天昏地暗，称之为沙暴，这种灾害性天气，埋房压地，毁坏庄稼，屡见不鲜。所以靠近沙漠边缘的群众过去流传说：“无风满地沙，有风埋人家，只见春天籽下种，不见秋天收庄稼。”
新中国建立后，风沙为害的情况仍时有发生。风沙为害最大的地方主要是靠近沙漠边缘和山口子附近，因夏季午后空气对流旺盛，容易引起龙卷风。如1966年春天，一场大风把杭锦后旗新红大队的500亩麦苗全部摧毁。又如1971年春天，内蒙古生产建设兵团在这个地区开垦时接连5场八级大风，使四团2.3万亩庄稼被吹毁或沙压盖。
新中国成立后，广大群众连续开展了治水治沙运动，人进沙退，风沙的为害程度已大大减轻，从20世纪50年代中期开始，即沿沙漠边缘进一步开发水利，营造了从二十里柳子至沙海乡177公里长、平均300米宽的大型防沙基干林带，并在侧背建起一道10公里宽的封沙、育林、育草区，这条林带与灌区内相继绿化的数千公里排灌渠道、营造的60多万亩护田林形成网相结合，使河套平原风沙日数减少20%，300万亩农田得到直接保护，灌区内的小片沙漠面积也大多得到改造利用。
历史的经验值得注意。防治风沙是个长期任务，一不小心就会沙迫人退，重新引起沙漠化。
黄河洪灾包括黄河洪水溢岸、山洪泛滥和凌汛决口。
据史料记载，1931—1945年的黄河洪水灾情如下：
1931年8月，五原泄雨不止，河水暴涨，于乌兰脑包，乌北侧水出峡南，河渠决口，屋崩禾没，四面汪洋，伤人甚多。
1933年入夏，阴雨连绵，达40余日，黄河泛滥，山洪暴发，情势危急，已达极点，加以陇宁两省雨水尤大，汇流而东，遂致绥西悉成泽国，所有绥远省临河、五原、东胜、萨拉齐、托克托沿河各县，一片汪洋，田舍淹没，我民离析。
1934年8月，黄河水大，磴口水文站实测最大流量2500立方米每秒，北岸黄河泛滥，沿河十多道渠道均被淹没，房倒屋毁，交通断绝。五原由丰济渠口起至沙河渠口止，30多里黄河北岸漫溢串决。包头黄河漫溢淹没10多万亩，19个乡，300余村均泡水中，居民哭号之声，惨不忍闻。
1943年7月12日，石嘴山黄河洪峰流量4800立方米每秒，西起石嘴山，东到米仓县的协成渠，淹没土地5000平方公里，其中耕地300万亩，倒塌房屋2400间，死伤700多人。
1945年7月29日，黄河水大，临河县城被淹，河套五原、临河一带，因河水猛涨，永济、丰济、长济三大干渠告决，附近田禾全被淹没，人畜死伤甚惨。
以上是在旧社会黄河没有堤防的情况下，对洪水灾害的片断记载。新中国成立后，沿河修了防洪堤，基本防止了黄河洪水决溢的发生。例如1964、1967、1981年黄河发生3次大洪水，洪峰流量为5710～5540立方米/秒，比1943年黄河洪峰流量要大910～740立方米/秒，但均安全度汛，没有决溢发生。更重要的是，黄河上游修建了龙羊峡、刘家峡等大水库，黄河流量得到控制和调节，从根本上防止了洪灾发生。
黄河凌汛灾情。因气温关系，河套段黄河每年12月中旬要封冻，第二年3月中旬自上而下消融解冻，开河流凌，形成凌汛灾情。凌汛期间，河中窄湾处最易扎结冰坝，壅高水位，溢岸串决，发生水灾。据当地水文部门统计，整个河段每年扎结冰坝20多处，最多时为40多处，大小凌块排山倒海般堆积在一起，能抬高水位最高达6米多。过去每年3月份常因凌汛决口闹水灾，损失严重。现举例如下：
1910年，解冻开河，扎结冰坝，洪水漫溢，大量牲畜被淹死。
1926年3月，黄河解冻开河，三盛公一带河水涨高及墙顶，大片土地房屋被淹。
1927年，临河附近黄河凌汛溢岸，水位暴涨决堤，直冲县城。
1933年，解冻开河，磴口黄河决口，淹没土地150多公里。
1945年开河时，临河塔儿湾扎结冰坝，县城被淹。
1950年3月18日开河，磴口县渡口堂处扎结冰坝，米仓县被淹20公里，沿河一带被淹45公里。
1951年，三盛公开河时，渡口堂一带扎结冰坝，黄杨闸工程被水包围，附近1万多亩土地被淹，倒塌房屋567间。
黄河防凌，如同黄河防洪一样，也因新中国成立后沿河修堤而得到加强。自1951年起，防凌时常使用现代化技术手段，即每年防凌使用飞机大炮炸开冰坝，消除壅高水位现象。
黄河洪灾还有一种情况便是山洪灾情。
根据河套灌区山洪规划资料，灌区北部狼山和乌拉山从西到东长500公里，有大小山洪沟176条，其中发生洪水迳流的有100多条，洪灾频繁发生。不过过去很少记载，只记载过两次，一次在1929年，“立秋后，大雨5日夜，山洪暴发……归绥、托克托、萨拉齐、包头、五原、临河……十县悉成泽国，庄禾被淹，田庐冲毁无算”；另一次是在1931年，说狼山“山洪暴发，乌兰脑包至山麓水深七八尺，月余水势不减，秋禾尽淹”。从中可看出，那时山洪灾情严重。
