然而后来，内蒙古军区生产建设兵团的扩建工作搁浅。内蒙古的农牧场究竟由谁来接管？大批上山下乡知识青年由谁来安置？在知识青年上山下乡大潮兴起之后，中央很快做出了决断。

　　1968年下半年，北京军区、内蒙古革命委员会、山西省革委会协商，决定撤销华北农垦兵团，正式组建北京军区内蒙古生产建设兵团。

　　1968年11月27日，在向北京军区党委汇报组建内蒙古生产建设兵团情况时提出：内蒙古生产建设兵团计划建立6个师，每师10个团，每团10个连；1969年先组建一、二、六师，设置20个团，其中一师5个团，二师10个团，六师3个团；另从四、五师地区各建1个团，暂归六师领导。

　　内蒙古生产建设兵团的初期组建计划很快得到了北京军区和内蒙古革委会的同意，并上报中共中央、国务院和中央军委。

　　1969年1月24日，中共中央、国务院、中央军委批准建立内蒙古生产建设兵团。

　　1969年5月7日，内蒙古生产建设兵团在呼和浩特市举行成立大会。

　　根据中央的精神，内蒙古生产建设兵团开始实施农场接收、物资调配及人员编配等具体工作。

　　关于接收城市知识青年的条件，总的原则是以工人子女为主体，年满16周岁，身体健康，作风正派，家庭和本人历史清楚，达到以上要求的知识青年均可报名参加生产建设兵团。

　　接收精减下放劳动干部的条件是：男在45岁、女在40岁以下身体健康，能够参加农业生产劳动者；在政治上问题已弄清楚，而不属于敌我矛盾者可以接收。

　　原场职工，凡符合兵团接收人员条件者一律编为兵团战士。政治条件较好但年老病残者可编为兵团职工。

　　为做好内蒙古生产建设兵团的组建工作，北京军区迅速在所属各部队中展开动员，调集现役干部3266人到兵团任职，并将5354名复员、转业军人派往兵团。各师、团的基层组织很快搭建起来。

　　当时受命前往内蒙古生产建设兵团的现役干部崔书贵的回忆，有助于我们了解兵团初建时的情况：“那是1969年初春，在全国知青上山下乡的高潮中，中国人民解放军北京军区内蒙古生产建设兵团正式成立了，由各驻军抽调各级现役干部，组成内蒙古兵团、师、团、连的建制。正、副连长，指导员，军医，以及团以上机关的干部，都由现役军人干部担任。当时给我的任命是兵团一师五团后勤处物资助理员。接到命令第七天，也就是1969年2月18日，就从河北省会石家庄发专列到内蒙古。河北省革命委员会主任刘子厚、石家庄驻军首长徐信、阎同茂及有关处长一行，登上列车与我们一一握手送行。站台上有很多人敲锣打鼓送行，车厢上贴有‘屯垦戍边’‘建设边疆、保卫边疆、扎根边疆干革命’等标语。当时我们的心情都很激动，不知是留恋战友还是留恋家乡，很多人流下了泪水。车到丰台站，北京卫戍区也有很多去兵团的干部上车。火车还挂了几节软卧车厢，兵团的师首长大部分都乘软卧。第二天途经呼和浩特、乌拉特前旗、临河等站，下去了很多兵团干部。第三天清早，我们到了磴口县下车，全团官兵又转乘3辆汽车经过几十公里的沙漠地带，到了驻地包尔盖。我们五团驻地是原兵团司令部所在地，虽是一片土坯房子，但基本设施如医院、邮电所、门市部、粮食加工厂、酱油醋作坊、办公室、居民宿舍等都有。下属8个连队是原兵团作业区，最远的离团部8公里，大都在方圆4公里范围内。每个连队都有100多名职工，加上家属全团大约3000多人。”

　　现役军人的工作效率是值得称赞的。1969年初，根据当时的形势和条件，能够在很短的时间里组建起一个兵团，这本身就是一件了不起的事情。1969年2月，北京军区召开了干部会议，下达了给兵团调配干部的任务。3月初，几千名现役干部就到达了各自的工作岗位。他们一切行动听指挥，接到命令就行动，打起背包就出发。就在这样很短的时间里，迅速组建起了4个师、几十个团和几百个连队，又很快接来了3万多名城市知青和5000多名复员战士。

　　按照预定部署，内蒙古生产建设兵团首先完成了接收原华北农垦兵团人员的工作。华北农垦兵团自1966年2月组建，兵团机关驻地在山西省大同市花园屯，兵团先后设置了12个团，分建在山西省山阴、阳高、天镇、朔县、大同、应县等县市境内；十一团建在河北省境内；另在晋南地区设立了1个团。1967年12月，撤销了六、九、十团。1968年10月，北京军区把十一团移交给了天津市。1969年1月，根据北京军区的决定，山西省革命委员会接收华北农垦兵团一团、七团，其他各团的人员由内蒙古生产建设兵团接收。1月21—23日，在北京举行了有关单位领导参加的交接工作会议，华北兵团的全部现役干部和大部分复员军人、知识青年均被调往内蒙古生产建设兵团。

　　实际调往内蒙古的人数共计3053人，其中有现役干部339人，复员军人407人，知识青年1823人，地方干部38人，老工人446人。驻扎在巴彦淖尔大地上的北京军区内蒙古生产建设兵团，分别是第一师、第二师、第三师。3个师共接收来自北京、天津、上海、浙江、江苏、山东、四川、山西、陕西、河北以及内蒙古呼和浩特市、包头市、集宁市、锡林浩特市等地的城市知识青年，还有巴彦淖尔盟各旗县的部分知识青年。